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CD-EXTRA以前にも音楽とデータの両方を1枚のCD格納する「ミックスCD」なるものが存在した。これは[[PCエンジン]]の[[CD-ROM2]]や[[メガドライブ]]の[[メガCD]]などが採用していた形式である。ミックスCDでは音楽とデータを同一の領域に格納しており、CDプレーヤーでデータ部分を再生できてしまい、大音量のノイズでスピーカーを破損する恐れがあった。
CD-EXTRAでは、一般的なCDプレーヤーでは1領域目しか認識できないという点に着目し、2つの領域に分けることでこの問題を解決している。CD-EXTRAでは音楽の後に「11,400セクタ（2分32秒）の空白」を挿入することで領域を分離している。特殊な分離方法なので最近の400セクタ（2分32秒）の空白」を挿入することで領域を分離している。これにより「空白を読み飛ばした先にデータがあるか探索する機能」を搭載した機器でのみ再生できる。特殊な分離方法なので最近の[[パソコン]]では読み込めないことも多い。
後に[[セガ]]がCD-EXTRAを独自に拡張した「[[MIL-CD]]」を出して壮大に爆死した。