Flatpakとは、Linux向けのパッケージマネージャーおよびサンドボックス（アプリケーション仮想化ソフトウェア）です。
ここでいうアプリケーション仮想化とは「デスクトップアプリ特化型のコンテナ仮想化」です。
特徴としては、
- クリップボードなどのデスクトップアプリの相互運用に関する機能
- ハードウェアやファイルシステムを利用する場合に権限を要求する機能
- 他のコンテナ仮想化よりアプリの起動速度に重点が置かれている
- アプリケーション仮想化されるのでディストリビューションに依存しない
- アプリケーション仮想化されるのでパッケージツリーが壊れない
iOSのアプリ管理機能（ジェイル）とほぼ同じですね。