もちろんです、プロですから（Of course, I'm smart.）とは、プロは「最悪の事態を想定して行動する」「気を抜くな警戒しろ」という意味です。
「怖がっているのは私ではなく君じゃないのか？」「君こそメイトリックスを恐れているんだ」という質問に対して使われます。
最悪の事態を想像もできないやつは素人です。